蜂蜜可以放冰箱保存，但温度不能低于零度，否则会结晶，影响口感的均匀程度。蜂蜜储存时，宜放在低温避光处，最好放入冰箱内低温保存，不宜阳光直射。蜜蜂虽然在某一个时期只从一种植物上采集花蜜，但是，大多数蜂蜜中常常含有几种类型植物的花粉或花蜜，例：南方荔枝花末期接着有龙眼花，油菜花末期接着有紫云英开花，所以龙眼蜜里必含有荔枝蜜成分，紫云英流蜜初期必有少量油菜蜜成分。
一般情况下，蜂蜜是以一种或几种主要来源的花名来命名的。一般地说，某单花蜜就是该蜜源植物的花粉比例占绝对优势，例如在东北的椴树蜜中，椴树花粉应占绝对优势，蜜色白润。但也有许多植物同时开花而取到的蜜，因它有两种以上的花粉混杂在一起，一般称为杂花蜜，或百花蜜。
蜂蜜在常温、常压下，具有两种不同物理状态，即液态和结晶态（无论蜂蜜是贮存于巢洞中还是从巢房里分离出来）。液态蜜也就是蜂蜜从蜂巢中分离出来并始终保持着透明或半透明黏稠状的液体。然而多数品种蜂蜜放置一段时间后，尤其在气温较低时，逐渐形成结晶态，这样蜂蜜称为结晶蜜。
蜂蜜随蜜源植物种类不同，颜色差别很大。无论是单花还是混合的蜜种，都具有一定的颜色，而且，往往是颜色浅淡的蜜种，其味道和气味较好。因此，蜂蜜的颜色，既可以作为蜂蜜分类的依据，也可作为衡量蜂蜜品质的指标之一。蜂蜜之间存在着色泽差异，将其分为水白色、特白色、白色、特浅琥珀色、浅琥珀色、琥珀色及深琥珀色7个等级、其区分颜色的依据是普方特比色仪。
