沪港通是指上海证券交易所和香港联合交易所允许两地投资者通过当地证券公司买卖规定范围内的对方交易所上市的股票。而深港通是内地和香港投资者可以通过当地证券公司或经纪商买卖规定范围内的对方交易所上市的股票。
沪港通是沪港股票市场交易互联互通机制。而深港通属于深港股票市场交易互联互通机制。
在股票市场中，沪港通和深港通的定义不同、互联互通的双方不同、标的不同等等。
沪港通是指上海证券交易所和香港联合交易所允许两地投资者通过当地证券公司买卖规定范围内的对方交易所上市的股票，是沪港股票市场交易互联互通机制。而深港通指的是深圳证券交易所和香港联合交易所有限公司建立技术连接，使内地和香港投资者可以通过当地证券公司或经纪商买卖规定范围内的对方交易所上市的股票，属于深港股票市场交易互联互通机制。
虽然，沪港通和深港通的港股通是市值 50 亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股，但最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。深港通与沪港通对比，深港通的标的就不局限于 AH 股同时上市，而还包含深市成份股，由于深市成份股与沪市有很大区别，这会使香港市场的投资范围扩大。
1、开通条件不同
沪港通开户个人与机构需要 50 万以上的资金，一般港股账户：无资金限制，相对而言比较方便。投资标的开户：沪港通仅限 266 只成分股。一般港股账户：无投资标的限制。
2、投资标的股票与额度限制不同
相较沪港通，深港通下的港股通增加了：市值 50 亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股。同时，九州证券全球首席经济学家邓海清表示，最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。
与沪港通类比，深港通的标的不局限于 A/H 股同时上市，而将包含深市成分股；由于深市成分股与沪市有很大区别，这将丰富香港投资者的投资范围，但中国的高估值成长股能否得到香港投资者认同有很大悬念。
3、影响及作用机理不同
深圳交易所股票数量占据了全部 A 股上市公司的 60%，包括深圳主板、中小板以及创业板，与上证股票相比，深交所股票平均市值更小，交易及活跃度水平更高。
通过对比沪股通和深股通标的股票的差异，显然看到深股通标的中小盘股比例显著提升，以深港通方案获批当天收盘价格计算，满足深股通北向标的股中一半以上的股票市值都集中在 60-200 亿。
