土地在纠纷中一方私自办理不动产登记属于不合法行为。因为土地使用权有争议，双方达成一致意见后才能办理相关证件，单方面办理是无效的。
一、什么是土地纠纷
土地纠纷是当事人和其他人因土地使用权和所有权或其他有关土地的权利归属问题发生争议。大体意思是两个或两个以上不管个人或单位同时对未经确权的同一块土地各有各的观点主张权属争执，而各方理由也各有道理导致难以解决的土地权属矛盾。
二、土地纠纷的特征
1、主体的多样性：国家、集体、个人之间经常发生土地所有权争议；而这个使用权争议主要是国家与集体两者发生的矛盾。
2、客体的特定性：主要争议主题是土地所有权和使用权归谁所有或行使权。往往牵涉的土地都是情况比较复杂且年代久远无法界定，调查难度大牵涉多种政策问题。
3、纠纷的原因：单位或个人之间权属界线不清、面积与批准面积不一致、用地手续不完备、土地租赁被借用或重复征用、安置补偿措施未落实等紊乱现象。
4、无据可查：农田基本建设或样貌已经被改变或者发生地界变更，无历史依据可查。
三、土地纠纷的处理办法
1、土地纠纷提交到国土资源行政主管部门，应在在受理之日起6个月内提出调查处理意见。情况复杂的经国土资源行政主管部门的主要负责人审批，才可以适当延长。
2、根据《土地权属争议调查处理办法》的 第22条规定土地所有权和使用权存在争议的，在未解决前，任何一方不得改变土地现状及其他用途。 为解决复杂矛盾国土资源行政主管部门应当查清事实，调解分清权属关系，促使双方协商达成协议。
3、调解未达成协议的，国土资源行政主管理部门要及时提出调查处理意见，上报同级人民政府进一步作出处理决定。
