叶片：垂穗石松叶片为螺旋状排列，呈钻形后至线形。而石松为针形。孢子囊：垂穗石松孢子囊为圆肾形，黄色，孢子叶为卵状菱形。而石松的孢子囊为肾形，淡黄色，孢子叶为卵状三角形。
一、叶片区别
垂穗石松叶片为螺旋状排列，呈钻形后至线形，先端渐尖，边缘全缘无锯齿，纸质。
石松叶片为针形，长约3-4毫米，先端有较容易脱落的芒状长尾，颜色为深绿色。
二、孢子囊区别
垂穗石松的孢子囊穗单上于小枝的顶端，呈短圆柱形，通常成熟时会下垂，长约3-10毫米，直径约2-2.5毫米，颜色为淡黄色，孢子叶为卵状菱形，呈覆瓦状排列，先端为急尖，尾状，边缘有不规则的锯齿，孢子囊生于孢子的叶腋处，呈圆肾形，颜色为黄色。
石松的孢子囊穗通常有2-6个生长于孢子枝上部，长约2.5-2厘米，孢子叶为卵状三角形，先端急尖且有尖尾，边缘有锯齿。孢子囊为肾形，颜色为淡黄色。
