明朝历经萨尔浒之战和松锦之战两次惨败，损失惨重。特别是松锦之战，明军损失了来自全国的15万精锐士兵，辽东主城也失陷，使明朝与后金在辽东的攻守形势发生了逆转。广宁之战又使明军损失了6万人，而大凌河之战和长山之战更是让孙承宗、袁崇焕、赵率教和祖大寿数年心血培养的四五万关宁军全军覆没。
在城墙上的火炮支援下，关宁军在面对先前无敌的后金军时，也展现了一定的战斗力。随后金军和清军战斗时间的延长以及沉迷享乐导致战斗力下降，祖大寿凭借主要由蒙古人组成的关宁军，在一场决定性的战斗中，成功地吓得清军精锐的巴牙喇骑兵不听豫王多铎的命令而逃跑。最终，吴三桂麾下的山永关宁军甚至在野战中与清军不相上下，展现出了统战的价值。
在辽沈、广宁之战后，外地的客军损失惨重，几乎全军覆没。之后，孙承宗、袁崇焕开始将精力放在守卫辽土和培养关宁军上，以辽人守辽土，以辽土养辽人。直到崇祯十二年，洪承畴调任蓟辽总督，为了增强人数优势和战斗力，开始训练新的关宁军，并从蓟镇、宣大等地调集客军。
关宁军在朝廷中的作用不仅仅是抵抗后金的侵略。他们还参与了吴桥兵变的平定，孔有德在关宁军出战前曾经打得朝廷官兵溃不成军。关宁军的介入直接将二顺王赶到朝鲜。此外，关宁军的将领还成为了镇压农民军的重要力量。曹文诏叔侄和祖大弼是李自成的老对手，左良玉是张献忠前半生的克星，祖宽是卢象升的军事支柱。这些将领都是从关宁军中抽调出来的。朝廷能够调动他们，说明朝廷仍然能够控制关宁军，与其说存在军阀问题，不如说是朝廷对关宁军的有效运用。
萨尔浒之战可以说是明朝的一个警钟，它开启了明朝一系列败仗的序幕。明朝作为一个发展成熟的封建王朝，并不像商朝因为一场牧野之战、前秦因为一场淝水之战就立即崩溃。实际上，明朝是被后金一点一点地削弱的。正如努尔哈赤所提出的分割策略一样，后金在与明朝的战争中采取了逐步吞并的方式，通过一系列战役逐渐削弱明朝的实力，最终导致了明朝的灭亡。
关宁军在明朝末年的战争中发挥了一定的作用，他们在一些战斗中表现出了一定的战斗力，对后金军有一定的威胁。由于明朝军队整体上的衰败和内部的腐败问题，关宁军也难以扭转明朝的颓势。同时，明朝政府对关宁军的管理和调动也存在一些问题，没有完全发挥其潜力。
最终，明朝在长期的战争和内外因素的交织下，无法抵挡后金的进攻，导致明朝的灭亡。明朝的覆灭不仅仅是关宁军的失败，而是整个政治、军事、经济等多个方面的问题综合作用的结果。
