西番莲主要有三个品种，分别是紫果种西番莲、黄果种西番莲，以及由二者杂交获得的杂交种西番莲。其中杂交种的环境适应能力比较强，生长能力也比较强，有一定的抗病能力，所以很适合农户种植。它果实成熟的时候果皮是鲜红色的，比较光滑。果实产量在两者之间。
紫果种
紫果种的西番莲是野生的品种，这种紫果种的生长能力并不强，但是却十分耐寒，适合在山地中生长。
紫果种的西番莲植株的叶子、茎都是绿色的，结出的果实的形状为圆形或者椭圆形，果实比较小，并且植物的结果率比较低，成熟的时候西番莲果实的果皮是黑紫色的，这种紫果种的西番莲是不需要人工授粉的，正常的自然条件下就可以由昆虫等授粉。
黄果种
黄果种的西番莲可以攀附在其他植物或者依附物上，生长能力非常强，但是也有缺点，黄果种的西番莲的耐寒能力较弱，只适合在低海拔、气候较温暖的地区生长。
黄果种的西番莲的叶子和茎是紫色的，结出的果实也是圆形或者是椭圆形的，相较于紫果种而言，黄果种的西番莲的果实大，并且产量高，果实的质量也非常好，十分鲜美多汁，品质好，这种西番莲的果实成熟时果皮是鲜黄色的。但是这种黄果种西番莲的花朵的结构比较特殊，必须要人工授粉才能够结果。
杂交种
这种品种的西番莲是由紫果种和黄果种的西番莲杂交培育出来的，因此各种性能都居于黄果种和紫果种的西番莲之间，生长力较强，较耐湿、有一定的抗病性，茎干叶片都是绿中带紫色，果实成熟的时候果皮是鲜红色的，较光滑，果实产量也在两者之间，可以自然授粉。
