在交配时，公的孔雀鱼会一直追逐母鱼，使用自己的生殖器对着母鱼的生殖孔刺进去，射出精液，给母鱼体内的鱼卵受精。之后受精卵会在母鱼体内发育成小鱼，然后通过产卵的方式被母鱼排出体外。公孔雀鱼的生殖器生长在胸鳍部位，平时是向后生长的，但在快射精的时候会转向前方，确保能顺利放进母鱼的生殖孔中。
一、孔雀鱼是怎么交配生小鱼的孔雀鱼交配繁殖的过程比较简单。公孔雀鱼会一直追逐母鱼，使用它们的生殖器对准母鱼的生殖器进行受精。这个受精的过程是多次的，因为母鱼的卵子比较多，单纯一次受精是远远达不到全部鱼卵所需的。
公鱼和母鱼的生殖器是不同的，母鱼的生殖器比较常规，公鱼的生殖器是长在胸鳍后面，而且是向后生长的，等到快要射精的时候，它们才会转过来。一般公鱼追随母鱼受精的动作分为两种：一是使用侧面突击受精的方式，二是采用俯冲方式进行受精。第二种方法的成功率比较高的。
二、孔雀鱼繁殖需要注意什么
1、孔雀鱼在产卵是分时期的。在第十一次产卵之后，它们需要休息较长一段时间，才会产下一次卵。它们一生会产卵二十二到二十五次。
2、母鱼繁殖完后要单独隔离静养三天，静养的这三天需要给它们提供充足的食物和氧气。这对它们的身体恢复有好处。
3、产卵完毕后要立刻将母鱼与鱼卵隔离，以免出现母鱼将鱼卵当作食物吃掉的情况。
