青霉病：可用千分之一浓度的杀菌剂水溶液浸泡发病的种球，进行治疗。疫霉菌：将发病严重的病株拔除销毁。然后适当间苗、控水，并且保持通风。此外，还要喷洒具有抑制腐霉菌作用的杀菌剂，进行治疗。
卷丹青霉病
症状
在贮藏的过程中，会在腐烂的鳞片斑点上长出白色斑点，之后还会绒毛状的绿兰色斑块长出来。被侵染后的卷丹在-2℃的低温状态下，腐烂也会进一步增加。最终病菌会侵入到鳞茎的基盘，病菌也会使植株的生长速度减慢。虽然鳞茎看起来不健康，但只要基盘完整，植株的生长就不会受影响。种植后，侵染既不会转移到茎杆上也不会从土壤中侵染植株。
防治方法
不要种植基盘被侵害的鳞茎，将种球贮藏在所推荐的最低温度，感病的种球在进行种植之前必须用千分之一的杀菌剂水溶液浸泡30分钟，然后进行定植。定植之后，保持适宜的土壤温度。
卷丹疫霉菌
症状
植株脚腐会妨碍卷丹生长，严重者会导致卷丹枯萎。在茎基部被感染处产生软腐，成为暗绿色至黑褐色，并向上扩展，叶子颜色变黄，在茎基部失去颜色。在地上的茎部也经常发生类似软腐的感染，引起茎弯曲或猝倒。
防治方法
用土壤消毒剂对土壤进行消毒；栽培时用抑制腐霉菌的杀菌剂也很有效；保证土壤排水条件良好；防止作物浇水后一直处于潮湿状态：夏季土壤温度要尽可能最低。
卷丹落蕾干缩
症状
花蕾长到1~2厘米时会出现落蕾。花蕾的颜色变成淡绿色，与茎相连的花梗也会缩短，随后花蕾脱落。春天低位蕾首先受影响，而秋天高位蕾会首先脱落。
防治方法
不要将易落蕾的品种种植在光照不足的地方。在栽培期间鳞茎不能干燥以防止蕾干缩。确保鳞茎的根系良好，并尽可能提供适宜的环境，尤其要注意光照和蒸腾。
